[대한행정사회 신문 송경택 기자]

상증세법(상속세 및 증여세법)에서는 공익성을 고려하여 아래의 사업을 하는 자를 ‘공익법인등’으로 정의한다. 일반적으로 법인세법상 비영리 국내 법인이 이에 해당하며, 그밖에 종교단체·공익단체 등 법인이 아닌 단체 등도 ‘공익 법인 등’의 범위에 포함된다.

상증세법 시행령 제12조에 따라 다음의 사업하는 자를 “공익법인 등”의 범위에 포함됩니다.

▲ 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

▲ 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립 사업

▲ 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인 운영하는 사업

▲ 「의료법」의 규정에 의한 의료법인이 운영하는 사업

▲ 「법인세법」제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 기부금으로 운영하는 사업

▲ 「법인세법 시행령」제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인 등 및 「소득세법 시행령」제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

▲ 「법인세법 시행령」제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

 공익법인의 주요 신고 의무는 ①출연재산 등에 대한 보고서 제출 ②재산을 출연받은 공익법인 등은 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하며 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈택스에 게시하는 방법으로 공시 ③ 외부 전문가의 세무확인서 제출, 총 자산가액이 5억 원 이상이거나 수입금액과 출연받은 재산 가액의 합계액이 3억 원 이상인 공익법인 등은 2명 이상의 외부 전문가로부터 세무 확인을 받아 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 세무 확인서를 제출하여야 함. ④주식 보유 관련 의무이행 신고(’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 주식 기준 초과 보유 공익법인 등은 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 의무이행 여부를 신고하여야 함) ⑤기부금 모금액 및 활용 실적 공개(기부금 단체는 기부금 모금·활용 실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 법인의 누리집과 홈택스에 게시하는 방법으로 각각 공개하여야 함) ⑥주기적 감사인 지정제도 관련 기초자료 제출 하며, 지정기준일 이전 연속하는 4개 과세 연도에 대하여 감사인을 자유 선임한 경우 다음 2개 과세 연도에 대하여 기획재정부장관이 지정하는 감사인에게 회계감사를 받아야 한다.

이에 따른 공익법인 연간 세무일정은 다음과 같다.

▲ 3월 수익사업에 대한 법인세 신고(3/31)

▲ 4월 출연재산 보고서 등 제출(4/30), 결산서류 등 공시(4/30)

▲ 6월 기부금 영수증 발급 합계표 제출(6/30)

▲ 9월 주기적 감사인 지정 기초자료 제출(9/14)

다음은 공익법인 등의 세제 혜택이다.

▲ 출연재산에 대한 상속세 과세 가액 불산입

▲ 출연재산에 대한 증여세 과세 가액 불산입

▲ 고유목적사업준비금 손금산입

▲ 이자소득에 대한 법인세 신고 특례

▲ 자산 양도소득에 대한 법인세 신고 특례

수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인(공익법인 등 포함)은 부동산 등 양도소득에 한하여 소득세법의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고·납부할 수 있다.

▲ 공익법인 등에 대한 부가가치세 면세

종교·자선·학술·구호 그 밖의 공익을 목적으로 하는 공익법인 등이 공급하는 일정한 재화 또는 용역과 일부 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제 한다.

 다음은 출연재산 등에 대한 보고서는 다음과 같으며, 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용을 누락 또는 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우 가산세가 부과됩니다.

①공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 ②출연재산·운용소득·매각대금의 사용계획 및 진도 내역서 ③출연받은 재산의 사용명세서 ④출연재산 매각 대금 사용명세서 ⑤운용 소득 사용명세서 ⑥주식(출자지분) 보유 명세서 ⑦이사 등 선임명세서 ⑧특정기업광고 등 명세서 등이 있다.

 공익법인의 결산서류 등 공시는 ’20.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 모든 공익법인(종교단체 제외, 다만 종교단체도 주식 보유 관련 의무이행 신고 대상인 경우 결산서류 등 표준 공시의무 대상임)이 공시 대상으로 결산서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈택스에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다.

다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총 자산가액이 5억 원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산의 합계액이 3억 원 미만인 공익법인 등은 간편한 방식으로 공시할 수 있으며, 국세청의 공시 요구 및 오류 시정 요구를 불이행할 경우에는 가산세가 부과된다.

※ 공익법인 결산서류 등 공시시스템 바로가기(www.hometax.go.kr)

①로그인 → ②세무 업무 가이드 맵(Map) → ③공익법인 종합안내 → ④공시/공개 등록 → ⑤결산서류 등 공시등록

 공익법인 등 주식 보유 관련 의무이행 신고는 ’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연받거나 취득한 공익법인 등과 특수관계 있는 내국법인 주식을 총 재산가액의 30%를 초과하여 보유하는 공익법인 등은 의무이행 여부를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 신고하여야 하며 외부 회계감사, 전용 계좌 개설·사용, 결산서류 등 공시 이행시 적용하고, 신고 대상 공익법인이 신고하지 아니한 경우에는 가산세가 부과된다.

① 공익법인 등 주식 보유 관련 의무이행 신고서 

② 운용소득 사용명세서  

③ 이사 등 선임명세서  

④ 특정기업광고 등 명세서

⑤ 출연자 등 특수관계인 사용수익 명세서 

⑥ 해당 공익법인 등 설립 허가서 및 정관

공익법인 등 지정 추천 절차는 비영리법인 등은 지정 추천 구비서류와 지정 요건을 모두 갖추어 관할세무서(법인납세과)에 지정받고자 하는 분기 마지막 달의 전전 달 10일까지 신청 서류를 제출하여야 하며, 국세청(관할세무서)은 서류 구비 및 지정 요건 충족 여부를 검토하여 해당 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 기획재정부로 지정 추천하며, 기획재정부에서 최종 심사하여 매 분기말 지정·고시한다.

 - 공익법인 분기별 신청 기간-

* 신청 기한이 토요일, 공휴일인 경우 그 다음날을 기한으로 함

첫 번째 다음의 지정요건을 모두 충족한 민법상 비영리법인 · 비영리외국법인 · 사회적협동조합 · 공공기관(공기업 제외) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관이 신청 대상이며, 정관 내용이 요건을 충족해야 한다.

[민법상 비영리 법인등] 수입의 공익목적 사용 및 수혜자가 불특정 다수일 것 

[비영리외국법인] 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력 목적 추가됨

[사회적협동조합] 「협동조합기본법」제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 하나 수행

[공공기관/법률에 따라 직접 설립된 기관] 설립 목적이 사회복지 · 자선 · 문화 · 예술 · 교육 · 학술 · 장학 등 공익목적 활동 수행

두 번째 해산 시 잔여재산이 국가·지자체 또는 유사한 목적을 가진 비영리법인에 귀속한다는 내용이 정관에 기재될 것

세 번째 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 홈페이지를 통해 「연간 기부금 모금액 및 활용 실적」을 공개한다는 내용이 정관에 기재되어 있으며, 국민권익위/국세청/주무관청 등의 홈페이지 중 1개 이상의 곳이 법인의 홈페이지에 연결되어 있을 것

네 번째 비영리법인 등 또는 그 대표자 명의로 공직선거법에 따른 선거운동 사실이 없을 것

다섯째 지정취소된 경우 지정 취소된 날부터 3년이 경과하였을 것

※ 신청대상 유의사항

그동안 법령 등에 의해 기부금 단체로 인정되었던 아래의 단체는 2021년부터 지정 추천 절차를 통해 기획재정부장관으로부터 지정을 받아야 법인세법상 공익법인 등(기부금 단체)의 지위를 유지할 수 있습니다.

1.2018.2.13.전에 인·허가 받은 학술연구·장학·기술진흥·문화예술·환경단체

2.2018.2.13.전에 (구)법인세법 시행규칙 별표6의2로 지정됐던 기부금 단체

3.2018.1.1.전에 (구)법인세법 시행규칙 별표6의7로 지정됐던 단체 중 지정 기한이 만료되는 단체

 공익법인 신청시 구비서류는 다음과 같다.

1. 공익법인 등 추천 신청서(별지 제63호의5 서식)

2. 법인설립허가서

* (법률에 따라 직접 설립된 기관) '등록에 관한 사항을 증명할 수 있는 서류'로 대체 가능

3. 정관(지정 요건 공익목적 내용 반드시 포함)

4. 최근 3년간 결산서 및 해당 사업연도 예산서(설립 후 1년 미만 법인은 결산서 대신 직전 월까지의 월별 수입·지출 내역서로 제출 가능)

5. 향후 3년(재 지정 신청의 경우 5년)동안 기부금을 통한 사업계획서

6. 공익법인 등 의무 이행준수 서약서(별지 제63호의6 서식)

7. 기부금 모금 및 지출을 통한 공익 활동 보고서

8. 선거운동 사실 여부 확인서(임의 서식이나, 선거운동 여부 확인을 위해 제출 필요)

신청 방법은 홈택스를 통한 전자 접수 또는 방문/우편 접수가 가능하다.

* 홈택스(www.hometax.go.kr) : 인증서 로그인 → 세무 업무 가이드 맵(Map) → 공익법인 종합안내 → 기부금단체 추천/보고 → 지정 기부금 단체 추천신청

(방문/우편) 관할세무서에 신청서 및 첨부서류 접수

* 신청서 서식 : 국세청 누리집(www.nts.go.kr) → 국세신고안내 → 법인신고안내 → 공익법인 → 공익법인등(구.지정기부금단체) 지정 추천 신청

 지정기간은 신규 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간 이며, 재지정은 지정기간이 끝난 후 2년 이내 재지정되는 경우 재지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간이며, 의무 사항은 기획재정부 지정 공익법인 등의 경우 상증세법상 공익법인등에도 해당되므로, 법인세법 및 상증세법상 공익법인 의무 사항을 이행해야 하며, 의무 불이행시 지정취소 되거나 증여세가 부과될 수 있으므로 유의하여야 한다.

 다음은 의무이행 대상 공익법인 등은 매년 아래의 의무 사항 이행 여부를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청에 보고해야 하며, 그 내용은 다음과 같다.

①공익법인 정관에 수록된 내용 이행 여부 ②수입을 공익을 위하여 사용하고 수혜자가 불특정 다수일 것 ③매년 기부금 모금액과 활용 실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 공익 법인등의 인터넷 홈페이지와 국세청 홈택스에 각각 공개 여부 ④공익 법인등의 명의 또는 그 대표자 명의로 공직선거법에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실 여부 ⑤각 사업연도의 수익사업 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상 직접 고유목적사업에 지출 여부 ⑥ 공익목적사업용 전용 계좌를 개설하여 사용 여부 ⑦결산서류를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 공익법인 등의 인터넷 홈페이지와 국세청 홈택스에 각각 공시 여부 ⑧공익법인 회계기준에 따라 외부 회계감사 시행 여부(총자산 가액이 100억 원 미만이면서 수입금액과 출연재산 합계액이 50억 원 미만이고 출연재산 가액이 20억 원 미만인 경우 제외) 등이다.

이상 공익법인 설립 및 운영 방안에 대하여 설명하였으며, 일선 공익법인을 운영하는 업무 책임자는 공익법인 출연금 사용 규정 중 “출연받은 재산의 매각 대금이란 ‘매각 대금에 의하여 증가한 재산을 포함한 총 매각 대금에서 재산 매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 차감한 것'을 말하며, 출연받은 재산의 매각 대금은 매각일이 속하는 사업연도의 종료일로부터 1년 이내에 매각 대금의 30%, 2년 이내에 60%, 3년 이내에 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 함에도 불구하고 연도별 규정대로 시행하는 것은 공사비 등 특수 상황에 따라 준수 하기는 어렵다” 라고 고충을 전하였다.

 또한 국세청의 공익법인 지정 담당 공무원은 “매각 대금의 직접 공익목적사업 사용은 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업비로 지출하는 것을 말하며, 직접 공익목적사업용 재산,운용기간 6개월 이상인 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하는 경우도 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보지만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인이 매각 대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식 등을 '19.2.12.이후 취득한 경우에는 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 포함되지 않는다”라고 되어있어 업무 적용에 혼선이 생기기도 한다고 공익법인 업무에 어려움을 호소 하기도 하였다.

 지금까지 공익법인 설립에 모든 것을 알아 보았으며, 불특정 다수의 이익을 위하여 학술·교육·사회복지·문화·의료·종교·환경 등 공익사업을 수행하는 비영리법인은 다음 세대의 미래 이지만, 공익법인 설립 시 주무관청에서는 공익의 범위가 추상적이고 담당자의 재량 개입이 크고, 동일한 사업이라도 허가/반려 결과가 달라지는 사례가 다수 발생하며, 설립보다 운영이 어렵고, 해산 시 잔여재산은 개인 귀속 불가하며 다른 공익법인 또는 국가 귀속 등 되돌릴 수 없는 구조는 문제점이 아니라 할 수 없어 이에 대한 중앙행정기관이 문제점을 보완해야 공익법인이 더욱 활성화 되고 지속 가능 여부가 확실해져 다음 세대를 위한 밝은 미래가 될 것이다.